本研究科の課程は、博士課程です。前期2年の課程である「前期課程」と後期3年の課程である「後期課程」に区分されています。前期課程を修了すると修士（情報科学）の学位が、後期課程を修了すると博士（情報科学）の学位が授与されます。ただし、特に理由がある場合には、工学・理学・学術（博士の学位のみ）の学位も取得できます。

博士前期課程専攻基礎科目22単位以上を含む合計30単位を取得し、修士論文の審査に合格した者を、博士前期課程修了者として認定します。さらに博士後期課程科目4単位以上を取得し、博士論文の審査に合格した者を、博士課程修了者として認定します。

ただし、情報基礎数学専攻の博士後期課程については、平成29年度までに入学した者は、2単位以上を取得し、博士論文の審査に合格した者を、博士課程修了者として認定します。